Na území dnešní Libiše žili lidé s určitostí již v době mladší doby kamenné (neolit). Dokazují to nesčetné archeologické nálezy (celkem třiatřicet), z nichž nejstarší jsou neolitický kopytový klín a kamenný sekeromlat. Kromě nástrojů se nalezly i kostrové hroby skrčenců. 

První znímka o obci se v historických pramenech objevuje v roce 1323, kdy je zmíněn Protiva z Libiše (Protywa de Lubisse). 

Obec sloužila jako zemědělské zázemí Prahy ve vlastnictví pražské nižší aristokracie, měšťanů, Břevnovského kláštera, pražské a posléze mělnické obce. Obyvatelé byli hlavně rolníky. V průběhu 14. století se ves rozdělila na více samostatných statků a vlastnické vztahy jsou značně komplikované a nepřehledné.

Důležité místo v dějinách obce má historický přívoz přes řeku Labe zvaný Štěpánův. Ležel na významné středověké dálkové obchodní cestě spojující Prahu s Mělníkem a pak se vzdálenějšími cíli, jakými byli například Žitava. Důležitost labského přívozu u Libiše potvrzuje existence tvrze v jeho těsné blízkosti.

Štěpánův přívoz fungoval po řadu století, až v roce 1912 jej nahradil most.

V souvislosti s přívozem lze zmínit pověst o sv. Vojtěchovi, který byl údajně od pohanských přívozníků ztýrán, když odpočíval po cestě, sedě na jednom balvanu. Tuto událost údajně připomíná zmíněný balvan, stojící uprostřed kaple sv. Vojtěcha ze 17. století v nedalekém Hájku. Pověst pravděpodobně odráží příběh mučednické smrti, kdy byl sv. Vojtěch při své misi v Prusku po vystoupení z lodi na jednom z ostrovů udeřen veslem, proboden sedmkrát oštěpem a nakonec sťat. Jedním z atributů sv. Vojtěcha je veslo. 

Po vydání tolerančního patentu v r. 1789 byl vystavěn nový evangelický farní kostel. Je to prostá nezdobná budova na rohu ulic Školní a Mělnické. O téměř sto let později byla vedle staré školy postavena nová konfesionální evangelická škola. 

Libiš byla až do konce 1. světové války ryze zemědělskou obcí, která čítala okolo dvou set čísel popisných. Teprve v letech první Československé republiky, s rozvojem dvou továren v sousedních
Neratovicích a růstem průmyslové oblasti na okraji Prahy dochází k rozvoji obce, výstavbě nové části a stoupajícímu počtu obyvatel. 

V meziválečném období zaznamenala Libiš slušný hospodářský rozvoj, kdy v obci mimo řady řemeslníků a obchodníků prosperovala malá výrobna nábytku a stáčírna nápojů. Kulturní život pomáhala rozvíjet, jak bylo v té době obvyklé, sokolská jednota župy Barákovy, divadelní ochotnický spolek a sbor hasičů. Novodobé dějiny obce by nebyly úplné bez zmínky o osobnosti spisovatele a historika dr. V. V. Štecha, který v Libiši řadu let žil a své vzpomínky literárně zpracoval v knize "V zamlženém zrcadle". 

Poslední týdny 2. světové války jsou poznamenány tragédií, kdy při náletu spojeneckých letadel, byla v důsledku chybné navigace část pum svržena do prostoru mezi Spolanou a dnešním libišským sídlištěm, kde byli nešťastnou shodou okolností ukryti obyvatelé obce. Přes 50 lidí tehdy v samotném závěru války zcela zbytečně zemřelo.

Libiš byla několikrát administrativně spojena (a opět oddělena) s Neratovicemi. Do r. 1990, kdy se Libiš osamostatnila, rozvoj obce stagnoval. Od prvních dnů samostatnosti byl ze strany občanů na vedení obce vyvíjen největší tlak na řešení ekologické problematiky. V r. 1995 byla dokončena plynofikace obce. 

 Památky na území obce

Kostel sv. Jakuba

Dřevěná zvonice ze 16. st.

Evangelický kostel

Kaplička sv. Václava