Největší ekologickou zátěž obce Libiš představuje dnešní moderní chemický závod Spolana, a.s., který se z přibližně 80% rozkládá na území Libiše. V areálu Spolany jsou postupně likvidovány dočasná úložiště odpadů, problémem prozatím zůstává znečišťování ovzduší jedovatými zplodinami z výroby.  

V okolí obce za minulého režimu vzniklo mnoho menších skládek, které vyplňovaly různé terénní deprese. Největší skládka podél silnice II/101 Brandýs - Mělník dokonce zvedla okolní proláklinu až na úroveň silnice. Likvidace všech těchto pozůstatků minulosti značně vyčerpává prostředky obce. 
V současnosti již není na celém území obce žádná povolená skládka. 

Dalším ekologickým problémem je "narovnání" přirozeného toku řeky Labe, které samozřejmě poškodilo přírodní ráz krajiny.  

Na území obce se nachází významná přírodní rezervace Černínovsko
 
 
Lužní porosty přírodní rezervace Černínovsko se rozprostírají na levém břehu Labe v nadmořské výšce 165 m n.m. a obklopují slepé labské rameno (tzv. Staré Labe či Libišská tůň). Na jižním okraji přiléhá k porostům lužního lesa areál chemické továrny a.s. Spolana Neratovice.  

Porosty lužního lesa rostou na labských holocénních náplavech, jež jsou tvořeny písčitými štěrky, písky a hlinitými či jílovitými sedimenty dosahujícími hloubky až 10 m. Hladina podzemní vody se v těchto půdách pohybuje v rozmezí 0,5 až 2,5 m pod povrchem a v průběhu roku výrazně kolísá.
 
Porosty černínovského luhu jsou tvořeny především společenstvy tvrdého luhu Fraxno - Populetum a Ficario - Ulmetum campestris, méně často potom olšinami a fragmenty dubohabřín. V labském rameni je možno sledovat společenstva rákosin svazu Phragmition communis a vodních bylin tříd Polametea a Lemnetea.

Na zmíněné porosty jsou svým výskytem vázány některé významné druhy rostlin jako např. česnek medvědí, ostřice pašáchor, ostřice pobřežní, nadmutice bobulnatá, voďanka žabí a stulík žlutý. Jinak se zde vyskytuje bohatá zvířena bezobratlých a pestrá avifauna s garniturou hájových druhů a druhů vázaných na tůně a rákosiny jako např. ledňáček říční, cvrčilka říční, rákosník zpěvný, slavík obecný, sedmihlásek hajní a mnoho dalších. 

Téměř souvislé větší komplexy luhů začínající severozápadně od Neratovic (tedy i území dnešní PR Černínovsko), a pokračující až po Mělník, patřily kdysi velkostatku Obříství. Ve vlastnictví rodiny Trauttmansdorffů-Weinburgů zůstalo Obříství až do první pozemkové reformy, kdy bylo od velkostatku odděleno 522 ha půdy a zbytek i s lesním hospodářstvím o výměře asi 250 ha získal jako zbytkový statek ing. Jiří Havelka, v jehož držení zůstalo Obříství až do revize pozemkové reformy. 
V roce 1940 byl od velkostatku odloučen tzv. Libišský les, který se kryje s dnešní PR Černínovsko, o rozloze 60 ha a přešel do osobního vlastnictví manželů Štěpánkových z Libiše. Nevšední bohatost místní fauny a flóry vedla k postupnému prosazování ochranářských zájmů. Státní památkový úřad v Praze výnosem čj. 68/1927 z 12. ledna 1927 prohlásil Černínovsko za přírodní rezervaci. Vyhláška byla obnovena výnosem Ministerstva školství, věd a umění ze dne 16. 3. 1950 č. 146.992/50-IV/I, jíž byla stanovena rozloha vlastní rezervace, ochranného pásu a ochranné podmínky.  
Motivem ochrany bylo zachování ekosystému labského ramene a přilehlého lužního lesa. Ochranné pásmo PR Černínovsko tvoří výměru 31,13 ha. Majitelem a správcem PR Černínovsko i jeho ochranného pásma je v současné době LZ Mělník, polesí Tuháň.

Vážné nebezpečí pro nadálé zachování lužního biotopu představuje chemická továrna Spolana, a.s., která se nachází v bezprostřední blízkosti přírodní rezervace.